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Der wohl wichtigste Teil eines Aquariums ist der Filter. Hier ist die devise: Um so größer das Filtervolumen gewählt wird, desto besser ist es. Man teilt den Filter in der Regel in zwei Phasen ein. Die erste Phase übernimmt die mechanische Reinigung des Wassers. Hierbei werden Futter und Pflanzenreste so wie die festen Ausscheidungen der Fische herausgefiltert. Die zweite Phase übernimmt die biologische Reinigung des Wassers. Hier werden durch Bakterien Abbauprodukte im Wasser in wiederverwertbare Stoffe umgewandelt. Diese dienen unter anderem den Pflanzen als Nährstoffe.
Bei neueingerichteten Aquarien bzw. Filtern, dauert es ebenfalls einige Zeit, bis die Filtermedien mit den benötigten Bakterien besiedelt sind.
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